최근 치러진 제9회 전국동시지방선거 과정에서 발생한 투표 용지 부족 사태를 비롯한 각종 선거 관리 부실 논란은, 방대한 전국 단위의 선거 조직을 ‘비상임 위원장 체제’로 운영해 온 선거관리위원회의 구조적 한계에서 비롯되었다는 비판이 강하게 제기되고 있음. 현행법상 각급 선거관리위원회의 위원장은 주로 현직 법관이 겸임하는 비상임 명예직으로 운영되고 있음. 중앙선거관리위원회와 시ㆍ도선거관리위원회는 최고 책임자인 위원장의 공백을 보완하기 위해 별도의 ‘상임위원’을 두어 사무처를 지휘하도록 하고 있으나 분산된 지휘 체계로는 현장의 위기 상황에 신속히 대응하기 어려움. 특히 구ㆍ시ㆍ군선거관리위원회 이하 일선 위원회는 상임위원 직제조차 없이 비상임 위원장 체제로만 운영되어, 다수의 개표소 운영 등 방대한 현장 실무를 빈틈없이 통할하기 어려운 실정임. 이에 중앙선거관리위원회, 시ㆍ도선거관리위원회 및 구ㆍ시ㆍ군선거관리위원회의 위원장을 상임으로 전환하여 위원장이 직접 조직을 완벽하게 통할하도록 책임성을 대폭 강화하고, 기존의 상임위원 제도를 폐지하여 지휘 계통을 위원장 1인 중심으로 일원화해 선거 관리 부실의 재발을 원천 차단하려는 것임(안 제5조 등).