현행법은 농업협동조합 중앙회 회장을 총회에서 회원이 선출하도록 하고 있으며, 중앙회에 지역농협 등 조합의 업무를 지도ㆍ감사할 수 있는 조합감사위원회를 두도록 하고 있음. 그런데 현행 중앙회 회장 선출 방식은 회원조합이 조합원을 대표하여 중앙회장 선출에 참여함으로써 회원조합의 대표성을 반영할 수 있다는 장점이 있지만, 중앙회의 실질적인 구성원인 전체 조합원의 의사가 충분히 반영되기 어렵다는 의견이 있음. 한편, 조합감사위원회는 중앙회 소속으로 회원 조합에 대해 지도ㆍ감사 업무를 수행하고 있지만 감사위원의 선출, 직원 인사ㆍ예산편성 등과 관련하여 독립성이 부족하여 실질적인 감사기능을 수행하는데 한계로 작용한다는 지적이 있음. 이에 농업협동조합 중앙회 회장 선출에 회원조합과 전체 조합원의 참여를 균등하게 보장하고, 조합감사위원회의 독립성을 강화하여 농업협동조합중앙회가 농업인의 자주적인 협동조직으로서의 위상을 강화하고 농업의 경쟁력을 강화하는데 기여하려는 것임(안 제123조 등).