현행법은 「기업 활력 제고를 위한 특별법」에 따른 사업재편계획에 따라 같은 업종의 내국법인 간 합병으로 중복자산이 발생한 경우, 합병등기일부터 1년 이내 해당 중복자산을 양도하면 그 과정에서 발생하는 양도차익을 일정 기간 익금에 산입하지 아니하고, 양도일이 속하는 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도에 걸쳐 나누어 과세하는 특례를 적용하고 있으며, 그 적용기한을 2026년 12월 31일까지로 정하고 있음. 그런데 「기업 활력 제고를 위한 특별법」이 영구법으로 전환되고, 공급망 안정과 신산업 진출, 디지털전환ㆍ탄소중립 등 다양한 유형의 사업재편을 지속적으로 지원하고 있는 만큼, 합병 과정에서 발생하는 중복자산의 원활한 정리를 지원하기 위한 과세특례도 계속 유지하여 기업의 경영 효율화와 사업재편을 뒷받침할 필요가 있음. 이에 사업재편계획에 따른 합병으로 발생한 중복자산 양도차익에 대한 과세특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지 3년 연장함으로써 기업의 원활한 합병과 사업재편을 지원하려는 것임(안 제121조의31제1항).