현행법은 선원근로감독관에게 특별사법경찰관의 직무를 부여하면서도, 선원근로관계 법령 위반에 관한 서류 제출, 심문ㆍ신문 등 수사를 검사와 선원근로감독관이 함께 수행하도록 규정하고 있음. 그러나 수사와 기소를 분리하는 형사사법체계의 개편에 따라 검사는 공소제기 여부의 결정과 공소유지를 담당하고, 범죄수사는 법률에 따라 수사권을 부여받은 수사기관이 담당하도록 관련 규정을 정비할 필요가 있음. 이에 선원근로관계 법령 위반에 대한 수사 주체에서 검사를 삭제하고, 특별사법경찰권을 가진 선원근로감독관이 관련 수사를 수행하도록 함으로써 수사와 기소의 분리 원칙을 현행법에 반영하려는 것임(안 제127조).