아동보호전문기관은 지역의 학대 피해 아동 치료, 아동학대 예방 업무 등을 담당하는 기관으로서 아동 보호의 핵심 인프라임. 그런데 아동보호전문기관의 업무에 피해아동 가정의 사후관리를 위한 프로그램 개발이 포함되는지가 불분명하여 적극적인 업무 추진에 한계가 있다는 의견이 있음. 또한, 일부 지역의 경우 관할 면적, 아동학대 발생 건수 등에 비하여 인력이 부족하여 아동학대 사례에 대한 조기 개입, 사후관리 등이 충실히 이루어지지 못할 우려가 있음. 이에 아동보호전문기관의 업무에 피해아동 가정의 사후관리 프로그램 개발이 포함됨을 명확히 하고, 보건복지부장관이 아동보호전문기관의 설치ㆍ운영 실태를 평가하고 필요한 경우 지방자치단체에게 아동보호전문기관 확충 또는 개선을 위한 조치를 권고할 수 있도록 하며, 국가가 해당 조치에 필요한 비용을 지원할 수 있도록 하여 아동보호전문기관의 업무 역량을 제고하려는 것임(안 제46조 및 제47조).