현행법은 공기업 감사위원회의 구성 및 권한 등에 관하여 「상법」의 관련 규정들을 준용하도록 하고 있음. 이에 따라 2026년 7월 시행 예정인 개정 「상법」상 감사위원회 위원 선임ㆍ해임 시 최대주주와 특수관계인의 의결권을 합산하여 3%로 제한하는 규정 역시 공기업에 일률적으로 준용될 예정임. 그러나 상장공기업은 지배주주의 사익 추구 가능성을 전제로 하는 일반 민간 상장회사와 달리, 최대주주인 정부의 지분 보유 목적이 공공서비스 제공 및 국가 기간산업의 안정적 운영 등 공적 목적과 결합되어 있어 본질적인 차이가 있음. 또한 공기업의 감사위원 임명은 이미 임원추천위원회의 추천, 공공기관운영위원회의 심의 및 의결, 대통령 또는 주무기관 장의 임명 등 엄격한 공법적 절차와 통제를 거치고 있음. 이러한 구조적 특성을 고려하지 않고 개정 「상법」상의 의결권 제한 규정을 공기업에 기계적으로 준용할 경우, 공적 책임을 부담하는 정부 측 의결권은 극도로 제한되는 반면 공적 책무성이 없는 재무적ㆍ단기 투자자의 영향력이 비대해져 공기업 지배구조의 안정성과 공익성을 심각하게 저해할 우려가 있음. 이에 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인인 공기업이 감사위원회 위원을 선임하거나 해임할 때에는 「상법」제542조의12제4항에 따른 의결권 제한 규정을 준용하지 아니하도록 단서를 신설함으로써, 공기업 지배구조의 안정성과 공공성을 확보하려는 것임(안 제20조제4항 단서 신설).