현행법은 광주와 전남의 행정을 통합하여 광역 행정의 효율성을 통해 지역 경쟁력을 높여 호남권을 국가균형발전의 핵심 거점으로 육성하기 위해 제정되었음. 그런데 통합을 진행하면서 광주의 5개 자치구(광산구, 동구, 서구, 남구, 북구)와 전남의 5개 시(목포시, 여수시, 순천시, 나주시, 광양시) 및 17개 군(담양군, 곡성군, 구례군, 고흥군, 보성군, 화순군, 장흥군, 강진군, 해남군, 영암군, 무안군, 함평군, 영광군, 장성군, 완도군, 진도군, 신안군)은 그 지위를 그대로 유지하는 것으로 법률안이 통과되었음. 하지만 타 법률에 따른 시ㆍ군과 자치구의 자치권과 재정권의 차이로 인해 5개 자치구의 주민들이 오히려 역차별을 당할 우려가 있다는 지적이 꾸준히 제기되고 있음. 이에 기존 5개의 자치구를 시로 전환하여 통합특별시 관할구역 내 기초지방자치단체 사이에 자치권과 재정권에 차이가 발생하지 않도록 하려는 것임(안 제9조의2 신설 등).